Les OGM sont-ils vraiment dangereux ? Avant de répondre à cette question, intéressons-nous au Roundup, commercialisé par Monsanto. Cet herbicide est non sélectif, c'est-à-dire qu'il tue toutes les plantes, sans distinction. C'est pourquoi la même firme produit en parallèle des OGM Roundup-Ready, resistant au Roundup.

L’herbicide est principalement composé de glyphosate (C₃H₈NO₅P), associé à un tensioactif (comme les collyres, nocif pour les poissons) car il est peu efficace seul. Le glyphosate est un acide organique faible analogue à la glycine, et il provoque une faible pollution des nappes phréatiques. Il pourrait également réagir avec les nitrites présents dans certains aliments, mais aussi dans les sols agricoles, pour former un cancérogène possible (effet observé chez le rat de laboratoire).

Le glyphosate seul est très peu toxique pour les animaux à sang chaud, mais associé aux additifs et au tensioactif ajoutés dans le Roundup, il devient irritant, toxique et écotoxique. Le Roundup empêcherait le soja d’utiliser le manganèse présent dans le sol, ce qui réduirait le rendement, d’après Don Huber, phytopathologiste. A noter que certaines mauvaises herbes ont muté et sont devenues résistantes au Roundup. C'est le cas de l'amarante de Palmer, ou evil pigweed.

Parlons maintenant des OGM Roundup-Ready. Il existerait un risque avec les gènes de sélection. Ces derniers sont des gènes insérés en même temps que le gène d'intérêt, mais dont le rôle est de permettre la sélection des cellules modifiées. Les gènes de résistance à un antibiotique peuvent être utilisés dans ce but. Ils correspondent à des gènes conférant la résistance à un antibiotique donné et qui ne sont plus utilisés dans les secteurs de la santé humaine ou animale. D’autres risques sont aussi liés à la diffusion de ces gènes de résistance à d'autres espèces, et l'apparition de nouvelles résistances aux antibiotiques chez les bactéries pathogènes pour l'homme et l'animal (les bactéries colonisant l'homme et les animaux sont à 90% résistants à ces antibiotiques, d'où l'arrêt de leur utilisation en santé publique). L'enjeu de nombreuses études consiste à supprimer ce gène de sélection. Dans tous les cas, ces questions se posent pour toutes les PGM (Plantes Génétiquement Modifiées) antérieures à 2005 puisqu'à partir du 1er janvier 2005, ces gènes marqueurs ont été interdits pour toute nouvelle PGM.

Néanmoins, les OGM entrent en concurrence avec leur équivalent sauvage, ce qui pourrait provoquer une baisse de la biodiversité.