Les études et les connaissances sur les effets de la modification d'un gène (de croissance, par exemple) sur l'organisme cible sont peu nombreuses:

En 2003, des chercheurs français ont donné un scénario possible à long terme : selon eux, la protéine fabriquée par le nouveau gène pourrait interagir avec des protéines de l’organisme receveur en les modifiant et changer totalement la fonction de cette protéine. De nouvelles maladies pourraient apparaître, mais il n'y a pas actuellement pas de preuves ou d'observations allant dans ce sens. C'est la raison pour laquelle les OGM à structure modifiée (voir Tableau) n'ont pas été commercialisés, mais que leurs confrères à résistances ajoutées ont pu être produits.

Intéressons-nous au Roundup, commercialisé par Monsanto. Cet herbicide est non sélectif, c'est-à-dire qu'il tue toutes les plantes, sans distinction. C'est pourquoi la même firme produit en parallèle des OGM Roundup-Ready, resistant au Roundup.

L’herbicide est principalement composé de glyphosate (C₃H₈NO₅P), associé à un tensioactif (comme les collyres, nocif pour les poissons) car il est peu efficace seul. Le glyphosate est un acide organique faible analogue à la glycine(C2H5NO2), et il provoque une faible pollution des nappes phréatiques. Il pourrait également réagir avec les nitrites présents dans certains aliments, mais aussi dans les sols agricoles, pour former un cancérogène possible (effet observé chez le rat de laboratoire).

Le glyphosate seul est très peu toxique pour les animaux à sang chaud, mais associé aux additifs et au tensioactif ajoutés dans le Roundup, il devient irritant, toxique et écotoxique. Le Roundup empêcherait le soja d’utiliser le manganèse présent dans le sol, ce qui réduirait le rendement, d’après Don Huber, phytopathologiste. A noter que certaines mauvaises herbes ont muté et sont devenues résistantes au Roundup. C'est le cas de l'amarante de Palmer, ou evil pigweed.

Parlons maintenant des OGM Roundup-Ready. Il existerait un risque avec les gènes de sélection. Ces derniers sont des gènes insérés en même temps que le gène d'intérêt, mais dont le rôle est de permettre la sélection des cellules modifiées. Les gènes de résistance à un antibiotique peuvent être utilisés dans ce but. Ils correspondent à des gènes conférant la résistance à un antibiotique donné et qui ne sont plus utilisés dans les secteurs de la santé humaine ou animale. D’autres risques sont aussi liés à la diffusion de ces gènes de résistance à d'autres espèces, et l'apparition de nouvelles résistances aux antibiotiques chez les bactéries pathogènes pour l'homme et l'animal (les bactéries colonisant l'homme et les animaux sont à 90% résistants à ces antibiotiques, d'où l'arrêt de leur utilisation en santé publique). L'enjeu de nombreuses études consiste à supprimer ce gène de sélection. Dans tous les cas, ces questions se posent pour toutes les PGM (Plantes Génétiquement Modifiées) antérieures à 2005 puisqu'à partir du 1er janvier 2005, ces gènes marqueurs ont été interdits pour toute nouvelle PGM.

Néanmoins, les OGM entrent en concurrence avec leur équivalent sauvage, ce qui pourrait provoquer une baisse de la biodiversité.

Les OGM bt : Leurs effets à long terme

On a pu observer par l’intermédiaire de nombreux articles que les OGM de type bt (notamment le coton bt) qui ont été introduit en 1996 dans de nombreux pays (Argentine, USA, Inde, Afrique du sud, Chine...) ont permis d’augmenter la production par la destruction de ravageurs grâce au gène Far Cyr. Cela a implicitement diminué l’utilisation d’insecticides et ont produit un avantage économique estimé à 50 $ par hectare, le cout de semences OGM compris.

Cependant, dans certains pays (Inde) des espèces d’insectes résistantes sont apparus ont donc réduit l’intérêt des OGM bt. En revanche, en Chine, ces OGM n'ont pas conduit les insectes à développer des résistances supplémentaires. Certaines études montrent une corrélation entre l’implantation de coton Bt (sur une période de 20 ans), et de la réduction concomitante de l’utilisation d’insecticides chimiques. Cette réduction de l'utilisation d'insecticides a permis d'assurer une prolifération des prédateurs des parasites (coccinelles, araignées, chrysopes). Les insecticides ont donc été partiellement remplacés par les prédateurs naturels des parasites. Ces résultats montrent que les effets à long terme sont encore incertains et qu'ils dépendent surtout de l'utilisation raisonnée des OGM et des pesticides.

La situation internationale

Au niveau mondial, les cultures d'OGM représentaient en 2012 170,3 millions d'hectares et sont en hausse de 6% par rapport à 2011. Les Etats-Unis sont en tête avec 69,5 millions d'hectares suivi par le Brésil (36,6 Mha) et l'Argentine (23,9 Mha). Les pays en développement comptent maintenant pour 52% des surfaces et la croissance des surfaces plantées est bien plus forte que dans les pays développés. Le tableau suivant fourni par le Service International pour l'Acquisition des Applications Agricoles des Biotechnologies (ISSAA en anglais) donne la répartition mondiale des surfaces d'OGM. On peut y noter l'absence totale des pays européens, le premier étant l'Espagne avec 100 000 ha de mais.

Nous allons maintenant examiner la situation des OGM dans deux pays émergents: la Chine et l'Afrique du Sud.

Situation actuelle des OGM en Chine

La Chine est actuellement le sixième producteur mondial d'OGM en cultivant essentiellement du coton bt, avec 4 millions d'hectares soit 9 % des terres arables. Cependant, la Chine, grâce à des fonds de recherche très importants, pourrait devenir le leader mondial des biotechnologies. A l'image de nombreux pays comme l'Inde ou l'Afrique du sud, la Chine a adopté en priorité le coton bt dès 1996 pour pouvoir avoir un minimum de recul sur un OGM qui n'est pas utilisé pour l'alimentation humaine.

La volonté de la Chine est d'atteindre l'autosuffisance alimentaire le plus tot possible. Mais, pour l'instant, les OGM alimentaires y sont en phase de test, les variétés autorisées étant la tomate, la papaye et le poivron qui ne permettront bien entendu pas d'atteindre seuls l'autosuffisance alimentaire. La Chine reste en effet prudente sur l'implantation des deux véritables varietés qui pourraient y mener: le mais bt et du riz bt. Le riz est l'aliment de base de 65 % de la population, il représente donc un enjeu très important où l'erreur n'est pas permise. La recherche sur ces deux varietés a commencé dés le début des biotechnologies de transgénèse en 1980 et se poursuit depuis de manière intensive en laboratoires. Plus de 2,3 milliard de dollars y ont été investis. Ces variétés ont été déjà mises en place dans les cultures d'essais et pourraient très bien être commercialisés massivement à une échéance inférieure à 5 ans. Cependant, la surveillance de la communauté internationale est forte et la Chine veut à tout pris éviter un nouveau scandale alimentaire comme en 2008 sur le lait pour les nourrissons. La Chine collabore donc avec l'ISSAA qui surveille de près les protocoles des laboratoires et les tests concernant les OGM avant de s'appréter à autoriser de manière plus massive le développement des OGM alimentaires.

Cependant la Chine a été de plusieurs fois critiquée pour sa mauvaise gestion des OGM et leurs diffusions incontrolées vers des pays avec des réglementations strictes tels la France. Ainsi du riz chinois génétiquement modifié a été découvert en France en 2009: il était vendu sans autorisation dans certains supermarchés du XIIIème arrondissement de Paris. On a aussi retrouvé des graines OGM d'origine chinoises en Afrique, probablement importées par les semenciers chinois qui sont bien implantés sur le continent africain. Il est donc aussi probable que du riz OGM puisse se retrouver dans la chaine alimentaire en Chine. « Les règles en Chine sont beaucoup plus souples qu'en Europe, explique un ingénieur agronome Français qui suit ce dossier auprès de l’Ambassade de France à Pékin. Si en France, les travaux sur les OGM sont très encadrés, ce n’est pas le cas en Chine ». «Le Comité d’éthique de Pékin ne s’embarrasse pas de la pression de l’opinion publique, s’agace-t-il. La multiplicité des acteurs et des contrôles relâchés produisent des résultats hasardeux. Le pays n’a pas le recul nécessaire pour juger de la non toxicité de tel ou tel OGM». 

Au final, la Chine s'apprète donc à développer les OGM alimentaires de manière massive sans pour autant disposer actuellement d'un système de contrôle et d'autorisation complétement fiable. Elle conserve donc une certaine prudence, car des crises sanitaires liées aux aliments ont déjà éclatées dans le passé et qu'elle se sait particulièrement surveillée par la communauté internationale sur ce sujet. Plus généralement, elle devra être très attentive aux problèmes d'environnement que ne manquera pas de produire un développement massif de cultures plus intensives à base d'OGM. Les mêmes effets observés en Argentine pourraient alors s'y observer mais à l'échelle de la Chine donc avec des conséquences potentiellement plus lourdes. 

Etudions maintenant la situation en Afrique du sud

La situation des OGM en Afrique du Sud.

En tant que 8^ème producteur mondial d’OGM, l'Afrique du Sud est un précurseur (comme les États-Unis adoptant les OGM en 1996) ayant adopté comme dans la grande majorité des cas dans les pays en voie de développement les OGM sans le moindre débat. Le but recherché était alors d'augmenter le rendement par hectares et développer la production. En 2012, les surfaces cultivées avec des OGM atteignaient 2,9 millions d'hectares essentiellement du mais et du soja. Des essais expérimentaux en champs sont en cours pour développer des OGM alimentaires adaptés à l'Afrique comme la patate douce ou la banane.

Le développement des OGM en Afrique du Sud a pu connaitre des difficultés comme celle rencontrées avec le maïs NK603. Ainsi en 2009, alors que le maïs OGM est adopté par plus de 69 % des fermiers, les agriculteurs  ont souffert de pertes importantes sur 82.000 hectares à cause de trois variétés de maïs ayant été soumises à des erreurs de transgénèse au sujet de la fertilité de la plante. En effet la plante se développe normalement avec une belle couleur jaune mais s'était retrouvée quasiment privée de la capacité à produire des graines rendant le maïs impropre à la consommation. La société qui commercialise cet OGM a donc du indemniser les pertes qui s'élevaient à plusieurs millions de dollars. En revanche, le gouvernement sud-africain n'a pas souhaité à cette occasion lancer un débat public sur l'adoption des OGM et les possibles risques potentiels, il a continué sa politique favorable aux OGM.

Cependant, la société civile a commencé à réclamer plus de transparence sur les OGM et notamment sur l'étiquetage dans l'alimentation. Ainsi une première loi sur l'étiquetage adoptée en 2011 a rendu obligatoire l'étiquetage pour les produits alimentaires contenant plus de 5% de maïs ou de soja OGM.

Le développement des OGM se poursuit donc en Afrique du Sud en apportant une croissance des rendements, mais il est soumis à la pression de l'opinion publique qui est plus active qu'en Chine.